Nata a Parigi il 18 ottobre 1956, ha scoperto la vela in Gran Bretagna all'età di 6 anni.

Nel 1978, ha pubblicato all'Ecole Nationale Supérieure Agronomique de Rennes con una laurea in ingegneria agricola. Nel 1980, si svolge a favore della ricerca sulle CORPECUM aragoste e grandi crostacei. Questa attività di ricerca si estende a nome di IFREMER, a La Rochelle sulle attività di pesca del Golfo di Biscaglia. Dal 1984 al 1990 ha insegnato presso la scuola marittima e l'acquacoltura di La Rochelle.

Nel 1991 ha fondato con Christophe Auguin, Alain Gautier e associazione Jean-Luc Van Den Heede IMOCA, per raggruppare gli skipper dei 60 monoscafi piede. Lo stesso anno è arrivata settima nel BOC Challenge a raggiungere l'impresa di essere la prima donna a fare un giro del mondo. È questo successo che l'ha portata a lasciare l'insegnamento per dedicarsi completamente al mare. Nel 1994, la sua Ecureuil Poitou-Charentes disalberato è stato distrutto da un'onda in Australia  meridionale. Al suo ritorno, la sua nuova notorietà gli permette di ottenere il sostegno della PRB attività Vandea ( "Building rivestimenti prodotti") e lanciare la costruzione di un nuovo 60 pieds4. Ha poi fatto appello all'architetto Jean-Marie Finot e Marc Pinta produttore a sviluppare il primo Open 60 con chiglia basculante.

Nel 1999, durante la regata in solitario intorno al mondo Around Alone (ex BOC Challenge) si è capovolta. Lo skipper italiano Giovanni Soldini verrà in suo aiuto. Questo è probabilmente l'incidente che fece prendere la decisione di abbandonare le gare da solista. Continua comunque in alcune gare con equipaggio.

Isabelle Autissier diventa anche una scrittrice pubblicando diverse pubblicazioni.